三亞珊瑚礁自然保護區1989年建立,1990年批準為國家級海洋自然保護區。三亞珊瑚礁保護區,位于三亞市鹿回頭半島沿岸、東西瑁洲、牙龍灣海域,海陸總面積為8500公頃,其保護對象為珊瑚礁及由珊瑚礁構成的典型熱帶海洋生態系統與海洋生物物種。區內生產力很高,生物資源豐富,是保護海洋生物多樣性的重要海區。根據自然保護的需要而劃分為核心區、緩沖區和試驗區。對核心區內的珊瑚礁資源采取絕對保護措施。三亞珊瑚礁自然保護區保護區有造礁珊瑚87種,生長較密集,分布面積大,從2~3米左右到50米水深均可采到,水下大片珊瑚礁,斑斕絢麗,彩色紛呈。珊瑚種類、面積均列為海南省之冠。因此這里是迄今保持近原始狀態破壞最小的地區。珊瑚礁在分類上屬腔腸動物,在外觀形態上有石珊瑚和軟珊瑚之分,從生態角度可分為造礁珊瑚和非造礁珊瑚。珊瑚礁是指造礁珊瑚的骨骼與少數石灰質藻類和貝殼膠結而形成的多孔穴的鈣質礁體。珊瑚礁生態系統的生物量較大,各種浮游生物、底棲生物、游泳動物在珊瑚礁區攝食索餌。珊瑚礁區為許多珍貴優質魚類提供了良好的生長、發育、繁殖場所。僅在鹿回頭發現貝類300多種,海化石300多種,種類之多居全國之冠。
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